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Sanger测序技术平台

一.平台简介

     一代测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事首先发明。其基本原理是测序引物与单链DNA模板分子结合后,DNA聚合酶用dNTP延伸引物。每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3’-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止,终止点由反应中相应的双脱氧而定。使反应得到一组长几个至千个以上,相差一个碱基一系列片断。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。常用的测序仪有3130、3730、3500等。

二.平台优点

1、操作简单,结果直观可见,是测序的金标准。

2、测序片段长,单个测序价格便宜。

3、速度快,大部分检测一周之内可以完成。

三.平台技术服务

1、Sanger测序:适用大多数单基因病和已知突变位点验证。

2、PCR-STR分析:用于动态突变类疾病的检测,如脊髓小脑共济失调,亨廷顿舞蹈症,脆性X综合征,强制性肌营养不良,肯尼迪病,微卫星不稳定性等。

3、多重连接探针扩增技术(MLPA):用于基因大片段缺失/重复检测,如DMD,SMA等。

4、SNP分型:基于SNaPshot技术检测基因多态性,可以于一孔反应内检测30个以内的SNP位点多态性,位点可自由组合。是一种价廉,检测快速、灵活的中通量SNP检测方法。

四.主要检测项目如下:

检测项目

应用

脊肌萎缩症(SMA)

大片段缺失/重复检测(基于MLPA技术)

天使人综合征

肝豆状核变性

肾上腺增生症

神经纤维瘤

苯丙酮尿症

结节硬化症检测

假肥大型肌营养不良(DMD)

微卫星不稳定(MSI)

动态突变检测(基于PCR-STR技术)

脊髓小脑性共济失调(SCAs)

脆X染色体综合征(FX)

亨廷顿舞蹈症(HD)

齿状核红核苍白球路易体萎缩症(DRPLA)

弗里德里希综合征(FRDA)

肯尼迪综合征(SBMA)

强直性肌营养不良(DM)检测

1P19Q LOH

CYP2D6*10基因多态性

他莫昔芬

CYP19A1基因多态性

来曲唑/阿拉曲唑

ERCC1基因多态性

铂类(卡铂/顺铂/奥沙利铂)

ERCC2基因多态性

GSTP1基因多态性

GSTM1(+/-)基因多态性

XRCC1基因多态性

Cyp2c8*3基因多态性

紫杉醇/长春碱类

MDR1基因多态性

TYMS基因多态性

氟尿嘧啶/卡培他滨

DPYD*2A基因多态性

DPYD*5A基因多态性

DPYD*9A基因多态性

MTHFR基因多态性

RRM1基因多态性

吉西他滨

CDA基因多态性

MTHFR基因多态性

甲氨蝶呤

DHFR基因多态性

TYMS基因多态性

培美曲塞

UGT1A1*6基因多态性

伊立替康/托泊替康

UGT1A1*28基因多态性

CYP3A4*4基因多态性

依托泊苷/替尼泊苷

CYP2C9*3基因多态性

环磷酰胺

CYP2C19*2基因多态性

NQO1基因多态性

丝裂霉素

GSTP1基因多态性

蒽环类

多柔比星/表柔比星

GSTM1(+/-)基因多态性

GSTT(+/-)基因多态性

MDR1基因多态性

SNP分型检测

基于SNaPshot技术