Sanger测序技术平台
一.平台简介
一代测序技术是20世纪70年代中期由Fred Sanger及其同事首先发明。其基本原理是测序引物与单链DNA模板分子结合后,DNA聚合酶用dNTP延伸引物。每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3’-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止,终止点由反应中相应的双脱氧而定。使反应得到一组长几个至千个以上,相差一个碱基一系列片断。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。常用的测序仪有3130、3730、3500等。
二.平台优点
1、操作简单,结果直观可见,是测序的金标准。
2、测序片段长,单个测序价格便宜。
3、速度快,大部分检测一周之内可以完成。
三.平台技术服务
1、Sanger测序:适用大多数单基因病和已知突变位点验证。
2、PCR-STR分析:用于动态突变类疾病的检测,如脊髓小脑共济失调,亨廷顿舞蹈症,脆性X综合征,强制性肌营养不良,肯尼迪病,微卫星不稳定性等。
3、多重连接探针扩增技术(MLPA):用于基因大片段缺失/重复检测,如DMD,SMA等。
4、SNP分型:基于SNaPshot技术检测基因多态性,可以于一孔反应内检测30个以内的SNP位点多态性,位点可自由组合。是一种价廉,检测快速、灵活的中通量SNP检测方法。
四.主要检测项目如下:
检测项目 | 应用 |
脊肌萎缩症(SMA) | 大片段缺失/重复检测(基于MLPA技术) |
天使人综合征 | |
肝豆状核变性 | |
肾上腺增生症 | |
神经纤维瘤 | |
苯丙酮尿症 | |
结节硬化症检测 | |
假肥大型肌营养不良(DMD) | |
微卫星不稳定(MSI) | 动态突变检测(基于PCR-STR技术) |
脊髓小脑性共济失调(SCAs) | |
脆X染色体综合征(FX) | |
亨廷顿舞蹈症(HD) | |
齿状核红核苍白球路易体萎缩症(DRPLA) | |
弗里德里希综合征(FRDA) | |
肯尼迪综合征(SBMA) | |
强直性肌营养不良(DM)检测 | |
1P19Q LOH | |
CYP2D6*10基因多态性 | 他莫昔芬 |
CYP19A1基因多态性 | 来曲唑/阿拉曲唑 |
ERCC1基因多态性 | 铂类(卡铂/顺铂/奥沙利铂) |
ERCC2基因多态性 | |
GSTP1基因多态性 | |
GSTM1(+/-)基因多态性 | |
XRCC1基因多态性 | |
Cyp2c8*3基因多态性 | 紫杉醇/长春碱类 |
MDR1基因多态性 | |
TYMS基因多态性 | 氟尿嘧啶/卡培他滨 |
DPYD*2A基因多态性 | |
DPYD*5A基因多态性 | |
DPYD*9A基因多态性 | |
MTHFR基因多态性 | |
RRM1基因多态性 | 吉西他滨 |
CDA基因多态性 | |
MTHFR基因多态性 | 甲氨蝶呤 |
DHFR基因多态性 | |
TYMS基因多态性 | 培美曲塞 |
UGT1A1*6基因多态性 | 伊立替康/托泊替康 |
UGT1A1*28基因多态性 | |
CYP3A4*4基因多态性 | 依托泊苷/替尼泊苷 |
CYP2C9*3基因多态性 | 环磷酰胺 |
CYP2C19*2基因多态性 | |
NQO1基因多态性 | 丝裂霉素 |
GSTP1基因多态性 | 蒽环类 多柔比星/表柔比星 |
GSTM1(+/-)基因多态性 | |
GSTT(+/-)基因多态性 | |
MDR1基因多态性 | |
SNP分型检测 | 基于SNaPshot技术 |